渐冻症专病页

Disease-centric Topic

渐冻症

基因/变体/闭环路径更稳，上下文层仍然偏薄，先从机制线切更稳。

入口线：机制线主缺口：Anatomy 专题判断：Drug/Target 路径在宽口径 disease target 下会被明显放大，必须优先看严格版。；邻域里识别到 15 个噪声 disease，当前排除口径有效。；直接治疗边更适合作验证集，不建议单独当主叙事。

更新时间 2026-07-22 02:01:09

下一步动作 先把现有 phenotype/anatomy 候选验证并落图，让上下文层真的连起来。

summary 路径 /mnt/nas/kg/data_export/v1.0/data/topic_screening/als/v1/summary.json

Disease Set

病种定义口径

核心节点：`MONDO:0004976` / amyotrophic lateral sclerosis

alias/grouped：`PrimeKG_GROUPED_MONDO:12945_11691_12077_8780_11196_27694_11951_10459_11223_11632_14223_12790_12753_13715_7103_13264_13891_14181_4976_5145_11952` / amyotrophic lateral sclerosis

噪声排除：`family history`、`biomarker measurement`、`biomarker`、`susceptibility to`、`susceptibility`、`late-onset`、`late onset`、`early-onset`、`early onset`、`als-like`、`als like`、`non-als`、`non als`

口径说明：本轮按核心节点 + alias/grouped 节点统计，同时排除噪声 disease，不做全量 subtype 广义合并。

为什么这样定义：机制边和干预边在不同 disease 节点上可能分裂，所以必须把核心节点和 grouped/alias 一起纳入口径。

Direct Edges

直连层现状

路径	边数	唯一节点数	主要来源	关系拆分	含义
Disease -> Gene	373	294	OpenTargets 218 (58.5%)；primekg_disease_20260704 108 (28.9%)；CTD_curated 47 (12.6%)	biolink:associated_with: 373 / 294	基因边数量不算大，但已经能形成一个可讲的机制骨架。
Disease -> Variant	3,966	3,949	ClinVar 3,915 (98.7%)；OpenTargets_Genetics 42 (1.1%)；GWAS_Catalog_2024 9 (0.2%)	biolink:associates_with: 3,915 / 3,915；biolink:gene_associated_with_condition: 51 / 35	直连变体已同时覆盖 GWAS 与非 GWAS 证据，可以作为机制线的第二层。
Disease -> Phenotype	159	124	primekg_disease_20260704 106 (66.7%)；HPO_annotations 53 (33.3%)	biolink:has_phenotype: 159 / 124	当前已经有 124 个唯一节点直连，说明上下文层至少不是空白。
Disease -> Anatomy	0	0	无	无	当前 disease set 下还没有上下文直连边，上下文层基本空白。
Disease -> Pathway	0	0	无	无	当前还没有稳定的 Disease -> Pathway 直连，机制解释层缺一块关键支架。
Drug/Treatment -> Disease	147	144	ChEMBL 140 (95.2%)；Hetionet 2 (1.4%)；PrimeKG 2 (1.4%)	biolink:treats: 144 / 144；biolink:has_indication: 3 / 3	直接干预边存在，但主要是 Treatment 节点，更适合作验证集，不适合单独当主叙事。

Database Plan

数据库设计与现有来源

ALS 有较明确的专病遗传 / 临床资源，但公开直拉能力强弱差异较大。

现有 KG 已体现

10 个来源

ClinVar

已在当前 KG 中体现

边数：3,915

主要落在：Disease -> Variant

OpenTargets

已在当前 KG 中体现

边数：218

主要落在：Disease -> Gene

展开剩余 8 个来源

primekg_disease_20260704

已在当前 KG 中体现

边数：214

主要落在：Disease -> Gene；Disease -> Phenotype

ChEMBL

已在当前 KG 中体现

边数：140

主要落在：Drug/Treatment -> Disease

HPO_annotations

已在当前 KG 中体现

边数：53

主要落在：Disease -> Phenotype

CTD_curated

已在当前 KG 中体现

边数：47

主要落在：Disease -> Gene

OpenTargets_Genetics

已在当前 KG 中体现

边数：42

主要落在：Disease -> Variant

GWAS_Catalog_2024

已在当前 KG 中体现

边数：9

主要落在：Disease -> Variant

Hetionet

已在当前 KG 中体现

边数：2

主要落在：Drug/Treatment -> Disease

PrimeKG

已在当前 KG 中体现

边数：2

主要落在：Drug/Treatment -> Disease

专病专题设计

6 个候选

ALSoD

ALS 遗传数据库

定位：基因 / 变异 / 论文

状态：建议优先

访问：公开浏览

备注：适合挂专病遗传入口

Answer ALS Neuromine

omics / portal

定位：多组学数据

状态：建议优先

访问：公开门户 / 受控下载

备注：适合备注为 omics 门户

展开剩余 4 个候选

CDC National ALS Registry

registry / cohort

定位：人群 / 队列层

状态：后续储备

访问：公开概览 / 研究访问

备注：可挂 registry 入口，不主打直拉

Project MinE Data Browser

ALS genetics browser

定位：遗传主轴

状态：建议优先

访问：公开浏览

备注：适合作遗传结果门户

PRO-ACT

ALS clinical trial database

定位：临床试验 / 纵向临床

状态：补充储备

访问：注册/申请后访问

备注：适合临床层备注

NEALS

ALS clinical research network

定位：临床研究入口

状态：补充储备

访问：公开门户

备注：更像研究网络入口，不是直接下载库

共享数据库底盘

所有病共用一套底盘

Context Stack

HPO

Disease -> Phenotype / Phenotype -> Anatomy

阶段：P0 ｜现有 KG 可继续深挖

访问：公开下载

备注：可直接拉 annotation 文件

展开剩余 3 个

MONDO

Disease alias / grouped disease / hierarchy

阶段：P0 ｜现有 KG 已部分使用

访问：公开下载

备注：可直接拉 ontology / mappings

Disease Ontology / Orphanet / MeSH 疾病分支

补充疾病映射与 alias rollup

阶段：P1 ｜建议作为补充映射包

访问：公开下载为主

备注：DO 可直接拉；Orphanet / MeSH 适合作映射补充

Reactome / Open Targets disease-pathway evidence

Disease -> Pathway

阶段：P0 ｜建议优先补 path 解释层

访问：公开下载 / API

备注：Reactome 可直接拉；Open Targets 可走 API/下载

Mechanism Reserve

FinnGen R12

GWAS / Variant -> Disease / Phenotype

阶段：P1 ｜机制层储备

访问：公开结果下载

备注：可直接拉 summary stats / browser results

展开剩余 2 个

PheWAS Catalog

Variant -> Phenotype

阶段：P1 ｜机制层储备

访问：网页导出 / 公开浏览

备注：适合做 phenotype 扩展

DisGeNET

Gene -> Disease

阶段：P2 ｜机制层储备

访问：注册后下载

备注：不在当前 KG，适合后续机制补强

Intervention Reserve

DrugCentral

biolink:has_indication / biolink:contraindicated_for

阶段：P2 ｜干预层储备

访问：公开下载

备注：可直接拉 TSV / SQL dump

展开剩余 1 个

SIDER

Drug -> Phenotype / ADR context

阶段：P2 ｜干预层储备

访问：公开下载

备注：可直接拉 ADR 文件

Topic Graph

专题关系图

Topic Relationship Graph

渐冻症 / als

Path Skeletons

关键路径层

路径	路径数	唯一核心节点数	虚胖/风险信号	主轴判断
Variant -> Gene -> Disease	全量 1,258 / 保守 0	Variant 全量 1,258 / 保守 0；Gene 全量 17 / 保守 0	当前闭环能成立，但规模不算大，说明变体线需要靠严格映射才能讲稳。	可以作为机制线的一部分，但要同时带上保守口径，避免把闭环强度讲得过满。
Disease -> Phenotype -> Anatomy	当前图 27；候选 phenotype 0 / anatomy 0	当前图 phenotype 27 / anatomy 23；高置信 anatomy 候选 0	当前图里已经存在 Disease -> Phenotype -> Anatomy 路径，可以直接进入上下文分析。	可以作为上下文线的一部分。
Drug/SmallMolecule -> Target -> Disease	全量 212,442 / 严格 267	Compound 全量 123,480 / 严格 232；Target 全量 2,770 / 严格 18	全量药物靶点路径 212,442 条，严格路径 267 条，相差 795.7 倍，宽口径 disease target 会明显放大结果。	可以作为辅助干预线或验证集，不建议先讲成主体。

Quality Notes

质量与缺口

Drug/Target 路径在宽口径 disease target 下会被明显放大，必须优先看严格版。
邻域里识别到 15 个噪声 disease，当前排除口径有效。
直接治疗边更适合作验证集，不建议单独当主叙事。

层级	当前已有	当前缺什么	为什么重要
上下文层	已有 124 个直连 phenotype	Anatomy；Pathway	上下文层决定这个专题能不能从基因清单变成可解释的 disease-centric 子图。
机制层	已有 294 个直连 gene；已有 3,949 个直连 variant；闭环全量 1,258 条	保守 Variant-Gene 闭环	机制层决定这个病能不能讲清楚从 variant/gene 到 disease 的因果骨架。
干预层	已有 144 个直接干预节点；严格 Drug/Target 路径 267 条	更适合验证而不是主叙事的干预口径	干预层决定后续能不能把专题从解释框架延伸到验证集和应用层。

结论：这个病目前最适合从机制线切入，因为基因/变体/闭环路径更稳，上下文层仍然偏薄，先从机制线切更稳。

不建议先讲：当前最不适合先讲纯干预线，因为药物靶点路径容易被宽口径 target 放大，更适合作验证集。

优先补证据：下一步最值得补的是 phenotype/anatomy 这类上下文证据，而不是先把药物层继续堆厚。

项目定位：适合作为第二个具体病种，验证模板能否从 AD 平移到另一个遗传机制更集中的专题。

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